Michel Deneken est né le 17 août 1954 à Strasbourg. Il a suivi des études de théologie et de germanistique à l’Université des Sciences humaines de Strasbourg.
Après avoir obtenu le Capes d’allemand en 1979, Michel Deneken enseigna l’allemand au Collège-Lycée de l’École nationale technique des sous-officiers d’active d’Issoire (63) jusqu’en 1980. Six ans plus tard, il obtient son doctorat de théologie catholique et enseigne trois années au Lycée Schweitzer de Mulhouse. En 1989 il est nommé maître de conférences à la Faculté de théologie catholique de l’Université des Sciences humaines de Strasbourg. Il mène aussi des travaux dans le domaine de l’ecclésiologie (la conception théologique de l’Église), sur les questions œcuméniques, les relations entre l’Église catholique et les Églises de la Réforme, et sur la théologie allemande du XIXe siècle (école de Tu¨bingen). Il devient doyen de la Faculté de théologie de 2001 à 2009. Il a dirigé l’unité mixte de recherche Droit, religion, entreprise et société (CNRS/Université de Strasbourg) de 2013 à 2017.
Il est élu président de l'université de Strasbourg (UNISTRA) en décembre 2016. Deux syndicats, le SNES-FSU et l’UNEF contestent cette élection devant le tribunal administratif au motif qu’il est aussi prêtre. Mais le tribunal administratif, puis le conseil d’Etat confirment qu’un prêtre peut présider une université.
Il est l’auteur de nombreux ouvrages, dont :
- Une Église locale face au nazisme : l’Église d’Alsace, Strasbourg, Ercal Éditions, 1988
- La foi pascale. Rendre compte de la résurrection de Jésus aujourd’hui, Paris, éd. du Cerf, 1997
- Johann Adam Möhler, Paris, éd. du Cerf, 2007,